Hvordan trekke ut DNA fra en banan

Dette er en av de mest kjente prosessene for å trekke ut plantegenetisk materiale og kunne observere det under et mikroskop. Den kan også lages med tomater, pasjonsfrukt eller annen frukt. En banan brukes, i dette tilfellet, på grunn av den enkle måten å håndtere den på og de få trinnene som kreves for å knuse den i eksperimentet vårt.

For å trekke ut DNA fra en plantain eller banan trenger du:

• En plantain eller banan.
• En veldig skarp kniv.
• En gaffel eller en potetstapper.
• Flytende vaskemiddel eller vaskesåpe.
• Mineralvann.
• Litt salt.
• Natrium bikarbonat.
• En trakt.
• Kjøkkenpapir eller papirfiltre.
• Veldig kald alkohol.
• Beholdere av ethvert materiale for å utføre trinnene. En vil være nødvendig for moset banan og en annen for såpe og natrium. Det er nyttig hvis du lager den endelige blandingen i en klar beholder der du lett kan se innholdet fra utsiden.
• Sugerør av glass eller plast, gjerne gjennomsiktig. Alternativt er det også lurt å ha en strikkepinne med krokpunkt for hånden.

Husk å unngå å bruke redskaper som kan være forurenset for å knuse frukten. En ostehøvel kan for eksempel ha spor av fett når den brukes, og vi vil ikke at disse skal forurense den endelige prøven.

Trinn

• Det første trinnet vil bestå av å kutte bananen i små biter. Deretter er det praktisk å knuse bananen slik at den blir en puré. Ved å gjøre dette vil du bryte cellene til denne frukten, som inneholder DNA.
• Tatt i betraktning at celler generelt er dekket av en lipidmembran, vil vi trenge en ekstra metode for å bryte dem mer grundig. For dette vil vi i neste trinn lage en løsning i en separat beholder. Denne løsningen kalles ofte lysisbuffer i akademiske kjemikretser.

For å lage lyseringsbufferen må vi ta flytende såpe eller vaskesåpe og en kopp mineralvann og fortynne den. Hvis det er væsken, vil to stråler av den være tilstrekkelig til å farge vannet. Hvis det er pulvervaskemiddel, er det nok med en haugevis av spiseskje.

Vaskemidlet vil utføre funksjonen til å trekke lipider (som er en type fett) og proteiner (en type essensielle makronæringsstoffer) som er løselige i lipider. Vi må også legge til denne blandingen to teskjeer salt og seks teskjeer natron. Natriumet i disse to forbindelsene, med sine positive ioner, letter integriteten til trådene som utgjør DNA. Spesielt bikarbonatet vil ha ansvaret for å nøytralisere pH i løsningen, for å hindre at DNA-et blir skadet. DNA-trådene er nå ubeskyttet fordi de har blitt strippet for lipidene som pleide å belegge dem.

• Vi vil nå ty til en fysisk separasjonsmetode. Det vi trenger å gjøre er å tilsette det biologiske materialet som vi ekstraherte i trinn 1 i vaskemiddelløsningen vår. Vi tar fire spiseskjeer og blander dem i minst tre minutter, med maksimalt fem minutter.

Med kjøkkenpapiret eller kaffefiltrene som et rudimentært filter og ved hjelp av en trakt, legger vi et av disse filtrene i trakten og heller væsken av blandingen vår i beholderen. Det vil være fra denne blandingen vi til slutt vil trekke ut DNA-prøven som skal observeres. 

På dette tidspunktet vil vi ha løsningen vår i en vannfase, og vi kan enkelt samle genetisk materiale. Løsningen inneholder RNA, DNA og noen proteiner som er løselige i vann.

kjemisk separasjon

Nå skal vi forklare den kjemiske separasjonsmetoden, og dra nytte av de kjemiske egenskapene til molekylene til det biologiske materialet som vi skal separere. Vi skal bruke 5 ml av løsningen som vi nettopp har filtrert. Vi blander med en mengde kald alkohol som tredobler det i volum, i dette tilfellet 15 ml. Den kalde temperaturen på alkoholen vil garantere en bedre ytelse av metoden. Fordi den delen av den biologiske løsningen som inneholder DNA ikke er løselig i alkohol, vil vi se hvordan den agglomererer og skiller seg fra de andre grunnstoffene, og danner et lag som er lett gjenkjennelig med det blotte øye.

Det er viktig å tenke på at alkoholen må tilsettes sakte, helst ved å skyve den langs kantene på beholderen der den vandige løsningen venter. Vi prøver også å ikke skade DNA, som vi kanskje vil se under et mikroskop senere.

Nå som vi kan skille den uklare løsningen som bærer DNA fra prøven vår, vil vi fortsette å trekke den ut fra det vandige mediet. Vi tar strået og introduserer det i det vandige mediet til det berører den tidligere tilberedte løsningen. Umiddelbart etterpå dekker vi den ytre enden av sugerøret med en finger for å dekke luftlekkasjen og at den tjener til å holde oppløsningen. Hvis vi ikke klarer å få løsningen til å feste seg til tuppen av sugerøret, trekker vi den ut uten å fjerne fingeren fra den andre enden og fortsetter med å gjenta prosessen, og sørger for at halmen i det minste har kommet synlig inn i det tette mediet som inneholder materialet genetisk. Vi plasserer fingeren i motsatt ende, dekker den godt, og prøver litt etter litt å trekke ut dette mediet fra den vandige løsningen, og beveger halmen sakte utover.

Det er sannsynlig at vi vil ha vanskelig for å fange opp denne siste løsningen, så hvis vi ikke lykkes med forrige metode, kan vi bruke strikkepinnen med kroken nedover for å trekke ut denne tykke delen av løsningen fra det vandige mediet.

Vi har nå vår plante-DNA-løsning klar til å bli sett under et mikroskop. Det anbefales å umiddelbart legge den i en petriskål eller lignende redskap for å unngå kontaminering.

Referanser

Utdanne og skape. (s/f). Hvordan trekke ut DNA fra en plante? Tilgjengelig på: https://www.educaycrea.com/2015/09/como-extraer-el-adn-de-un-vegetal/

Ochoa, J. (2010). DNA-ekstraksjon med kjøkkenmateriale. Tilgjengelig: https://www.youtube.com/watch?v=PkjtFM_UVxk&t=243s